RBP基因组生物学:系统分析

来源：清华大学2022-08-12 09336047

RNA编辑和RNA结合蛋白(RBP)在转录后的一系列复杂过程中起着关键作用，对RNA剪接、降解和分子功能进行复杂的调控。

RNA编辑和RNA结合蛋白(RBP)在转录后的一系列复杂过程中起着关键作用，对RNA剪接、降解和分子功能进行复杂的调控。基于高通量测序的一系列技术为全面分析RNA编辑事件和RBP-RNA相互作用这两个重要过程提供了高效的工具。然而，以往对这两个过程的研究是相对独立的，缺乏对RBP-RNA编辑的结合偏好以及两者在分子功能上的内在联系的系统分析。

为解决这一问题，杨研究组重点研究了与RNA编辑事件的相互作用，定量分析了对RNA编辑事件的一系列偏好，探索了与RNA编辑对RNA选择性剪接的协同调控作用。该研究组在《基因组生物学》上发表了题为“RNA结合蛋白对RNA编辑事件的结合偏好调查”的研究论文。

具体而言，在本文中，利用RNA深度测序和RBP eclipse-seq等高通量数据开发了生物信息学分析过程RBPed，并对150个RBPs定量分析了RBP与其结合RNA编辑水平之间的关联。在这项工作中，在单个RNA编辑位点的分辨率下，完成了RBP对RNA编辑事件偏好的普查，确定了一系列被不同RBP偏好或拒绝的编辑事件，并进行了生化实验。最后，有人认为RNA编辑对二级结构的影响可能是RBP结合偏好的原因。进一步分析了RBP-RNA编辑相互作用影响RNA选择性剪接的生物学功能，并结合分子生物学实验阐述了RBP UPF1和RNA编辑协同调控RNA剪接。

总之，本工作为深入系统地了解RBP-RNA编辑相互作用参与RNA转录后调控提供了信息线索和资源，挖掘了RBP-RNA编辑相互作用的潜在生物学意义。毕业于清华大学生命学院的博士生和邹勤是论文的第一作者，杨副教授是论文的通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金和国家科技攻关项目的资助。d程序。蛋白质国家科学研究(北京)设施(清华大学蛋白质研究与技术中心)下的生物计算平台和基因测序与分析平台为本研究提供了强有力的支持。

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